การสกัดด้วยคลื่นเสียงความถี่สูงใช้ในอุตสาหกรรมน้ำผลไม้และเครื่องดื่มเป็นหลักเพื่อสกัดส่วนผสมที่มีประสิทธิภาพ เช่น เพกตินและเม็ดสีจากพืช การสั่นสะเทือนด้วยคลื่นเสียงความถี่สูงสามารถทะลุผนังเซลล์ของพืชได้ ทำให้เพกติน เม็ดสีจากพืช และส่วนประกอบอื่นๆ ไหลออกมาในน้ำผลไม้ได้ ในขณะเดียวกัน คลื่นเสียงความถี่สูงยังคงทำงานต่อไปเพื่อกระจายอนุภาคเพกตินและเม็ดสีจากพืชให้มีขนาดเล็กลง อนุภาคขนาดเล็กเหล่านี้สามารถกระจายลงในน้ำผลไม้ได้สม่ำเสมอและเสถียรมากขึ้น ความเสถียรของเพกตินที่สกัดและกลั่นด้วยคลื่นเสียงความถี่สูงจะเพิ่มขึ้นอย่างเห็นได้ชัด การฉีดเพกตินลงในน้ำผลไม้และเครื่องดื่มสามารถป้องกันไม่ให้ตกตะกอนและแยกชั้นได้ สีของเม็ดสีจากพืชที่สกัดและกลั่นด้วยคลื่นเสียงความถี่สูงจะสดใสขึ้น ซึ่งสามารถปรับปรุงสีของน้ำผลไม้และเครื่องดื่มได้อย่างมาก