การสกัดด้วยคลื่นอัลตราโซนิกส่วนใหญ่ใช้ในอุตสาหกรรมน้ำผลไม้และเครื่องดื่มเพื่อสกัดส่วนผสมที่มีประสิทธิภาพ เช่น เพคตินและเม็ดสีจากพืช การสั่นสะเทือนอัลตราโซนิกสามารถทะลุผนังเซลล์พืช ทำให้เพกติน เม็ดสีพืช และส่วนประกอบอื่นๆ ไหลออกสู่น้ำผลไม้ ในเวลาเดียวกัน อัลตราซาวนด์ยังคงทำงานเพื่อกระจายเพคตินและอนุภาคเม็ดสีพืชให้มีขนาดเล็กลง อนุภาคขนาดเล็กเหล่านี้สามารถกระจายไปยังน้ำผลไม้ได้อย่างทั่วถึงและเสถียรยิ่งขึ้น ความเสถียรของเพกตินที่สกัดด้วยอัลตราโซนิกและการกลั่นจะดีขึ้นอย่างเห็นได้ชัด การฉีดเข้าไปในน้ำผลไม้และเครื่องดื่มสามารถป้องกันไม่ให้ตกตะกอนและหลุดร่อนได้ สีของเม็ดสีพืชที่สกัดและปรับปรุงด้วยอัลตราโซนิคจะสดใสยิ่งขึ้น ซึ่งสามารถปรับปรุงสีของน้ำผลไม้และเครื่องดื่มได้อย่างมาก